女子化したボクは、ブラコン妹と百合のリケ女に挟まれて困ってます

主人公の楓太は、父が経営する研究所でアルバイトをしていたが、ある日実験事故で怪我をし、女子化促進剤が体内に入ってしまう。翌朝、目を覚ますと身体が女性化しており、混乱した楓太はその事実を妹の紗希に告げる。しかし、最初は受け入れられなかった紗希も、検査結果を受けて、兄が完全に女性になったことを認めざるを得なくなる。

父は薬の開発を始めるが、現段階では身体を元に戻す方法は見つからず、楓太は女性の姿で生きていくことを決意する。学校は休学し、再びアルバイトを始めるが、その先で出会った安藤梓と接するうちに、彼女は楓太が元男であることに気づくことを心配する。しかし、安藤は楓太を「かわいらしい」と思っていることが分かり、楓太の心は揺れる。

紗希は兄を大切に思う気持ちが強く、次第に自分が兄に対して恋愛感情を抱いていることに気づく。その一方で、楓太が女性として新しい生活を始めることを受け入れ、支えようとする。しかし、父から薬の開発がうまくいかず、楓太は元に戻れないことを告げられ、さらに混乱する。安藤や紗希に支えられ、楓太は不安を抱えつつも、女性として生きる覚悟を固める。

新学期が始まり、楓太は楓として復学し、周囲の理解を得ながら新たな生活をスタートさせる。最初は不安だったが、安藤との関係が深まる中で、少しずつ自信を取り戻していく。最終的に、楓と安藤は恋人同士になる。しかし、紗希はその事実に複雑な気持ちを抱えつつも、次第に受け入れ、楓と安藤の関係を応援するようになる。

バレンタインデー、紗希からチョコレートをもらい、安藤からもチョコをもらうことで、楓と安藤の絆はさらに深まる。楓は、周囲の支えを受けて、少しずつ自分らしく生きる決意を固める。最終的に、楓は大切な人たちとともに前向きに未来に向かって歩み始める。